Gdyby rozsiane po świecie szczątki Chrzciciela zmontować razem, pewnie uzbierałby się z nich cały kwartet albo kwintet poprzedników Jezusa.
Co się stało z ciałem Chrzciciela? Jan Chrzciciel zginął ścięty na życzenie Herodiady, która była równocześnie żoną, szwagierką i siostrą swojego obecnego męża Heroda. Dekapitacja miała miejsce w Maheroncie – twierdzy na wyniosłym wzniesieniu, na wysokości Morza Martwego, dziś po jordańskiej stronie.
Ewangelie mówią tylko, że pochówkiem zajęli się uczniowie Jana. Tradycja z IV wieku podaje, że za czasów cesarza Juliana Apostaty, że zabrali je z Maherontu do Sebastii. Konia z rzędem temu, kto odgadnie o którą z Sebast chodzi, gdyż w dawnych czasach wiele miejscowości nosiło to imię: od Samarii aż po Armenię. Ostatecznie grobowiec Jana Chrzciciela znajduje się dzisiaj w Damaszku, w dawnym kościele a obecnie meczecie Umajjadów. Albowiem Jan jest czczony nie tylko przez chrześcijan jako poprzednik Jezusa, ale również przez muzułmanów jak poprzednik Mahometa.
Ewangelie mówią, że uczniowie zabrali ciało Jana. Głowę nieboraka Salome zaniosła swojej matce. Herodiada chciała tę głowę zutylizować. Ale podkradła ją niejaka Joanna, żona Chuzy – zarządcy u Heroda (por. Łk 8,1-3) i pochowała na stoku Góry Oliwnej w Jerozolimie – w miejscu, gdzie dzisiaj stoi cerkiew Wniebowstąpienia Pańskiego z charakterystyczną wieżą zwaną świeczką. Głowę Jana stamtąd wywieziono w IV wieku. Podobno znajduje się w Amiens. Ale wskazują też inne miejsca. Złośliwi mówią, że głów Jana Chrzciciela znalazłoby się się z siedem. Ale co najwyżej dwie są autentyczne: jedna – mniejsza – z czasów dzieciństwa i druga – ta ścięta z rozkazu Heroda. Zatem w Damaszku są pewnie jakieś szczątki Jana Chrzciciela, nie zaś on w całej okazałości.
Skrzyneczkę zawierającą sześć ludzkich kostek z karteczką, że należały do Jana, znaleziono w 2010 roku w ruinach klasztoru na wyspie Świętego Iwana (Jana) w Bułgarii, koło Sozopolu, na południowym wybrzeżu Morza Czarnego. Zbadano je metodą rozpadu węgla oraz jakimiś skalami DNA i wyszło, że należały do człowieka żyjącego na Bliskim Wschodzie w I wieku – tam i wtedy, co Jan Chrzciciel.
Z kolei w Moskwie, w Cerkwi Zbawiciela, jest relikwiarz prawicy Jana Chrzciciela, która ochrzciła Chrystusa. Zostawił go tam Napoleon, podczas niesławnej wyprawy AD 1812. A wszedł w jego posiadanie, jak to miał w zwyczaju, drogą rabunku, gdy zajął Maltę, siedzibę zakonu Joannitów (od Jana Chrzciciela), których od nazwy wyspy znamy jako Kawalerów Maltańskich. Relikwie dłoni Chrzciciela można także napotkać w Istambule.
